Depuis sa création, l'Université de Haute-Alsace se distingue par un recherche partenariale très active, en collaboration avec des acteurs économiques locaux, nationaux et internationaux. Elle place la recherche à la pointe de l'innovation dans des domaines qui définissent ses forces :

• chimie, matériaux fonctionnels, énergie et environnement,
• systèmes intelligents, numérique, procédés et textiles avancés,
• risque, économies durables et identités européennes.

La recherche à l'UHA est interdisciplinaire et à l'origine de nombreuses innovations de rupture (matériaux, véhicule autonome, bâtiments intelligents...). Elle a contribué à valoriser des thématiques scientifiques de niche telles que le stockage de l'énergie, l'industrie du futur, la vigne, le textile, le décrochage scolaire, l'interculturalité ou encore l'autonomie.